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「1000円からお預かりします」は、日本語としてはおかしいようです。

どこかのチェーン店のマニュアルで使用され、
このような表現が広まっていったようです。

なので、あまり気にしないほうがいいと思います。

本来、「千円（を）お預かりします」または「千円からでよろしいでしょうか？」
というべきだと思います。

日本語としては間違っています。
しかし、使われています。

多分、「お客様からお預かりする」
という感覚で、「から」が残ったのだと思います。
または、おつりを返すという前提があるので
「1000円から代金分をいただきます。残った分はお返しします」
というような感覚から
「いただいて返す」
の中の「返す」を省略してしまっているのかも知れません。
ちょうどの金額の場合はあまり「から」と言いませんよ。よく見てると。
「ちょうどいただきます。」とか「1000円いただきます」とか。
なのでお釣りが出る前提の心理状況だとすると
省略しすぎてはいるものの気持ち的にわからないでもありません。

が

日本語としては間違いです。