Communication Square

微妙に違うような気がします。
普段は使い分けています。

１は、過去形。視点が現在。
２は、過去進行形？。視点が過去（外出中）。

2は過去完了形です。
過去の行動を単純に聞いているだけではなく、そうなってしまった事が文の中心です。

昨日どこへ行っていた？
家にいると言ったのになぜいなかった？

というようにどこに行っていたか場所を知りたいわけではなく、いると思っていた場所にいなかった理由を聞いている文になります。